R jest podstawowym językiem programowania w bioinformatyce i statystyce, a jego znajomość kojarzona jest z prestiżem i najwyższymi kompetencjami analitycznymi. Korzystamy z R w naszej codziennej pracy i chętnie dzielimy się naszym doświadczeniem i umiejętnościami.

Na nasze warsztaty zapraszamy wszystkich, którzy chcą rozszerzyć swoje kompetencje w zakresie analizy danych. Nasi wykładowcy to praktycy R z ogromnym dorobkiem naukowym i szkoleniowym, pracujący na co dzień w obszarach big data i supercomputingu.

Nadzór nad programem szkoleń pełni Aneta Sawikowska - doktor nauk matematycznych, bioinformatyk pracujący na co dzień w obszarze big data, autorka publikacji naukowych z zakresu matematyki, analizy statystycznej, analizy poziomu ekspresji genów, analizy sieci korelacyjnych, analizy danych metabolomicznych i innych.

Organizujemy także specjalistyczne szkolenia z R dla firm i jednostek naukowo-badawczych oraz kursy indywidualne.

Wybrani klienci:
Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu;
Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu;
Uniwersytet Ekonomiczny w Poznaniu;
Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu;
Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego Polskiej Akademii Nauk
i inni.



Aktualna oferta zdalnych kursów R i szkoleń bioinformatycznych:
Wprowadzenie do R i RStudio dla początkujących (2-dniowy warsztat online)

Szkolenie dotyczy osób, które nigdy nie miały styczności z programowaniem w R. Zaczniemy od bardzo podstawowych zagadnień podpartych szeregiem ćwiczeń. Zapraszamy pracowników naukowych, pracowników firm, sektora bankowego i finansowego oraz wszystkich zainteresowanych nabyciem umiejętności w posługiwaniu się językiem R.

Termin: 3 i 4 kwietnia 2020 10:00-15:00.

Miejsce: warsztat online.

Grupa: maks. 10 osób - liczba wolnych miejsc: 6.

Wykładowca: Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak.

Cena: 899 zł netto (1105,77 zł brutto).

Zagadnienia:

  • Wprowadzenie do R i RStudio
  • Podstawowe operatory logiczne, funkcje matematyczne, statystyczne, R jako kalkulator
  • Podstawowe typy danych: wektory, macierze, ramki danych, listy
  • Wprowadzenie do programowania: pętle, instrukcje warunkowe, funkcje
  • Wprowadzenie do analizy danych: podstawowe statystyki opisowe, testy statystyczne: test t, anova, testy sprawdzania równości wariancji, zgodności z rozkładem normalnym
  • Podstawowe wykresy: histogram, boxplot, wykresy rozrzutu, mapy ciepła, dendrogramy

    • Wprowadzenie do R i RStudio dla początkujących (2-dniowy warsztat online)

    Szkolenie dotyczy osób, które nigdy nie miały styczności z programowaniem w R. Zaczniemy od bardzo podstawowych zagadnień podpartych szeregiem ćwiczeń. Zapraszamy pracowników naukowych, pracowników firm, sektora bankowego i finansowego oraz wszystkich zainteresowanych nabyciem umiejętności w posługiwaniu się językiem R.

    Termin: 3 i 4 kwietnia 2020, 10:00-15:00.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób - liczba wolnych miejsc: 7.

    Wykładowca: Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak.

    Cena: 899 zł netto (1105,77 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Wprowadzenie do R i RStudio
  • Podstawowe operatory logiczne, funkcje matematyczne, statystyczne, R jako kalkulator
  • Podstawowe typy danych: wektory, macierze, ramki danych, listy
  • Wprowadzenie do programowania: pętle, instrukcje warunkowe, funkcje
  • Wprowadzenie do analizy danych: podstawowe statystyki opisowe, testy statystyczne: test t, anova, testy sprawdzania równości wariancji, zgodności z rozkładem normalnym
  • Podstawowe wykresy: histogram, boxplot, wykresy rozrzutu, mapy ciepła, dendrogramy

    • Analiza danych w R i RStudio (2-dniowy warsztat online)

    Warsztat dla osób, które mają choćby najmniejsze doświadczenie w programowaniu w R, innych językach lub ukończyły nasz warsztat "Wprowadzenie do R i RStudio dla początkujących". Nauczymy Cię używać języka R do przygotowania, analizy oraz interpretacji danych. Przekażemy Ci podstawowy warsztat analityka i praktyczną wiedzę z zakresu analizy danych i statystyki. Zapraszamy pracowników firm przetwarzających zbiory danych, analityków, naukowców, pracowników sektora bankowego i finansowego oraz wszystkich zainteresowanych nabyciem umiejętności analizowania danych w języku R.

    Termin: 24 i 25 kwietnia, 10:00-15:00.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób.

    Wykładowca: Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak.

    Cena: 899 zł netto (1105,77 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Krótkie wprowadzenie do R i RStudio
  • Podstawowe statystyki opisowe: miary tendencji centralnej, miary rozrzutu, analiza rozkładu danych
  • Podstawowe wykresy
  • Podstawy wizualizacji danych: pakiet ggplot2
  • Podstawowe testy statystyczne: test t dla dwóch prób, test Kruskala-Wallisa, test Friedmana, test Wilcoxona, porównania wielokrotne
  • Testy zgodności, niezależności
  • Regresja prosta, regresja wielokrotna
  • Analiza składowych głównych

    • Analiza danych w R i RStudio (2-dniowy warsztat online)

    Warsztat dla osób, które mają choćby najmniejsze doświadczenie w programowaniu w R, innych językach lub ukończyły nasz warsztat "Wprowadzenie do R i RStudio dla początkujących". Nauczymy Cię używać języka R do przygotowania, analizy oraz interpretacji danych. Przekażemy Ci podstawowy warsztat analityka i praktyczną wiedzę z zakresu analizy danych i statystyki. Zapraszamy pracowników firm przetwarzających zbiory danych, analityków, naukowców, pracowników sektora bankowego i finansowego oraz wszystkich zainteresowanych nabyciem umiejętności analizowania danych w języku R.

    Termin: 24 i 25 kwietnia, 10:00-15:00.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób.

    Wykładowca: Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak.

    Cena: 899 zł netto (1105,77 zł brutto)..

    Zagadnienia:

  • Krótkie wprowadzenie do R i RStudio
  • Podstawowe statystyki opisowe: miary tendencji centralnej, miary rozrzutu, analiza rozkładu danych
  • Podstawowe wykresy
  • Podstawy wizualizacji danych: pakiet ggplot2
  • Podstawowe testy statystyczne: test t dla dwóch prób, test Kruskala-Wallisa, test Friedmana, test Wilcoxona, porównania wielokrotne
  • Testy zgodności, niezależności
  • Regresja prosta, regresja wielokrotna
  • Analiza składowych głównych

    • Analiza danych RNA-seq w R (2-dniowy warsztat online)

    Kurs rozpoczniemy od krótkiego wstępu dotyczącego podstaw R, po czym przejdziemy do przedstawienia specyfiki analiz danych wysokoprzepustowych, jakimi są dane pochodzące z eksperymentu RNA-seq. Zapoznamy Państwa z wstępną analizą takich danych tj. analizą jakości, mapowaniem oraz wstępną filtracją i normalizacją, a następnie przejdziemy do analizy wyższego rzędu czyli analizy różnicowej i ontologii genowej. Przekazujemy wiedzę praktyczną popartą przykładami, ćwiczeniami oraz tzw. case study. Kurs ma na celu wprowadzić w podstawy analiz dużych zbiorów danych next generation sequencing (NGS).

    Termin: 8 i 9 maja 2020, 10:00-15:00.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób - liczba wolnych miejsc: 2.

    Wykładowca: Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak.

    Cena: 1000 zł netto (1230 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Krótkie wprowadzenie do R. Pakiet dplyr
  • Podstawowe statystyki opisowe: miary tendencji centralnej, miary rozrzutu, analiza rozkładu danych
  • Podstawowe wykresy
  • Podstawy wizualizacji danych: pakiet ggplot2
  • Wprowadzenie do RNA-seq i Bioconductor
  • Analiza jakości, mapowanie, zliczanie countów
  • Testy zgodności, niezależności
  • Podstawowe testy statystyczne dla danych NGS: edgeR, deseq, limma
  • Analiza GO i KEGG
  • Wizualizacja wyników
  • Case study

    • Analiza danych RNA-seq w R (2-dniowy warsztat online)

    Kurs rozpoczniemy od krótkiego wstępu dotyczącego podstaw R, po czym przejdziemy do przedstawienia specyfiki analiz danych wysokoprzepustowych, jakimi są dane pochodzące z eksperymentu RNA-seq. Zapoznamy Państwa z wstępną analizą takich danych tj. analizą jakości, mapowaniem oraz wstępną filtracją i normalizacją, a następnie przejdziemy do analizy wyższego rzędu czyli analizy różnicowej i ontologii genowej. Przekazujemy wiedzę praktyczną popartą przykładami, ćwiczeniami oraz tzw. case study. Kurs ma na celu wprowadzić w podstawy analiz dużych zbiorów danych next generation sequencing (NGS).

    Termin: 8 i 9 maja 2020, 10:00-15:00.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maksymalnie 7 osób.

    Wykładowca: Dr inż. Joanna Zyprych-Walczak.

    Cena: 1000 zł netto (1230 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Krótkie wprowadzenie do R. Pakiet dplyr.=
  • Podstawowe statystyki opisowe: miary tendencji centralnej, miary rozrzutu, analiza rozkładu danych
  • Podstawowe wykresy
  • Podstawy wizualizacji danych: pakiet ggplot2
  • Wprowadzenie do RNA-seq i Bioconductor
  • Analiza jakości, mapowanie, zliczanie countów
  • Testy zgodności, niezależności
  • Podstawowe testy statystyczne dla danych NGS: edgeR, deseq, limma
  • Analiza GO i KEGG
  • Wizualizacja wyników
  • Case study

    • Analiza danych metabolomicznych (2-dniowy warsztat online)

    Warsztaty skierowane są do biologów, chemików, osób, które nie posiadają umiejętności bioinformatycznych i chcą zaplanować doświadczenie, przetwarzać dane metaboliczne i stosować metody statystyczne wykorzystywane w metabolomice. Warsztaty kładą nacisk na wykorzystanie narzędzi, programów dostępnych publicznie oraz platform on-line przez biologów i chemików, projektowanie doświadczenia i interpretowanie wyników. Warsztaty zapewniają praktyczną wiedzę popartą przykładami, ćwiczeniami oraz tzw. case study.

    Termin: informacje wkrótce. Zarejestruj się wstępnie bez ponoszenia opłaty, a otrzymasz od nas wiadomość, gdy kurs będzie dostępny.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób.

    Cena: 1500 zł netto (1845 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Wprowadzenie do metabolomiki, analiza globalna, profilowanie metabolitów, analiza celowana
  • Metody analityczne zastosowane w metabolomice: zalety i ograniczenia
  • Chromatografia cieczowa ze spektrometrem masowym – zastosowanie w metabolomice
  • Najnowsze podejścia w dziedzinie metabolomiki
  • Przygotowanie próbki do analizy, m.in. do dużego doświadczenia (normalizacja danych, przygotowanie próbki, kontrola jakości, itd.)
  • Przetwarzanie danych metabolicznych: przegląd aktualnego oprogramowania, pipline analizy danych metabolomicznych
  • Dekonwolucja i wyrównanie czasu retencji w danych: znaczenie i opis najczęściej używanych algorytmów
  • Post-processing wielowymiarowej tabeli danych
  • Metody statystyczne w metabolomice, wizualizacja wyników
  • Usługi online w zakresie metabolomiki
  • Publicznie dostępne repozytoria i bazy danych dla danych surowych, przetworzonych i dla ścieżek metabolicznych przydatne w identyfikacji i analizie metabolitów

    • Analiza danych metabolomicznych (2-dniowy warsztat online)

    Warsztaty skierowane są do biologów, chemików, osób, które nie posiadają umiejętności bioinformatycznych i chcą zaplanować doświadczenie, przetwarzać dane metaboliczne i stosować metody statystyczne wykorzystywane w metabolomice. Warsztaty kładą nacisk na wykorzystanie narzędzi, programów dostępnych publicznie oraz platform on-line przez biologów i chemików, projektowanie doświadczenia i interpretowanie wyników. Warsztaty zapewniają praktyczną wiedzę popartą przykładami, ćwiczeniami oraz tzw. case study.

    Termin: informacje wkrótce. Zarejestruj się wstępnie bez ponoszenia opłaty, a otrzymasz od nas wiadomość, gdy kurs będzie dostępny.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób.

    Cena: 1500 zł netto (1845 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Wprowadzenie do metabolomiki, analiza globalna, profilowanie metabolitów, analiza celowana
  • Metody analityczne zastosowane w metabolomice: zalety i ograniczenia
  • Chromatografia cieczowa ze spektrometrem masowym – zastosowanie w metabolomice
  • Najnowsze podejścia w dziedzinie metabolomiki
  • Przygotowanie próbki do analizy, m.in. do dużego doświadczenia (normalizacja danych, przygotowanie próbki, kontrola jakości, itd.)
  • Przetwarzanie danych metabolicznych: przegląd aktualnego oprogramowania, pipline analizy danych metabolomicznych
  • Dekonwolucja i wyrównanie czasu retencji w danych: znaczenie i opis najczęściej używanych algorytmów
  • Post-processing wielowymiarowej tabeli danych
  • Metody statystyczne w metabolomice, wizualizacja wyników
  • Usługi online w zakresie metabolomiki
  • Publicznie dostępne repozytoria i bazy danych dla danych surowych, przetworzonych i dla ścieżek metabolicznych przydatne w identyfikacji i analizie metabolitów

    • Analiza kliniczna i projektowanie leków (PKPD) (2-dniowy warsztat online)

    Jest to szkolenie z wyspecyfikowanych zagadnień dla naukowców i firm farmaceutycznych. Warsztaty zapewniają praktyczną wiedzę popartą przykładami i ćwiczeniami z badań klinicznych leków oraz modelowania farmakokinetyczno-farmakodynamicznego (PKPD). Szkolenie oparte jest o pakiet R o nazwie xpose4.

    Termin: informacje wkrótce. Zarejestruj się wstępnie bez ponoszenia opłaty, a otrzymasz od nas wiadomość, gdy kurs będzie dostępny.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób.

    Cena: 1500 zł netto (1845 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Podstawowe definicje i zagadnienia dotyczące populacyjnej analizy danych z badań klinicznych leków: modele strukturalne farmakokinetyczno- farmakodynamiczne PKPD, model statystyczny, model zmiennych towarzyszących
  • Metody i rodzaje populacyjnej analizy danych klinicznych
  • Korelacja i regresja, analiza danych klinicznych
  • Normalność rozkładu, analiza t-studenta, analiza wariancji ANOVA
  • Pakiet xpose4:
    • - Wykresy dobroci dopasowania modelu końcowego (goodness of fit plots): obserwowane stężenia leku vs. populacyjne stężenia przewidywane oraz obserwowane stężenia leku vs. indywidualne stężenia przewidywane
    - Histogram i analiza zmiennych towarzyszących (covariates - wiek, masa ciała, dane laboratoryjne i kliniczne pacjenta)
    - Ocena statystyczna niewyjaśnionej zmienności resztowej (RUN - residual unexplained variability): zależność warunkowych reszt ważonych (CWRES) od wartości indywidualnych przewiedzianych przez model oraz od czasu

    Analiza kliniczna i projektowanie leków (PKPD) (2-dniowy warsztat online)

    Jest to szkolenie z wyspecyfikowanych zagadnień dla naukowców i firm farmaceutycznych. Warsztaty zapewniają praktyczną wiedzę popartą przykładami i ćwiczeniami z badań klinicznych leków oraz modelowania farmakokinetyczno-farmakodynamicznego (PKPD). Szkolenie oparte jest o pakiet R o nazwie xpose4.

    Termin: informacje wkrótce. Zarejestruj się wstępnie bez ponoszenia opłaty, a otrzymasz od nas wiadomość, gdy kurs będzie dostępny.

    Miejsce: warsztat online.

    Grupa: maks. 10 osób.

    Cena: 1500 zł netto (1845 zł brutto).

    Zagadnienia:

  • Podstawowe definicje i zagadnienia dotyczące populacyjnej analizy danych z badań klinicznych leków: modele strukturalne farmakokinetyczno- farmakodynamiczne PKPD, model statystyczny, model zmiennych towarzyszących
  • Metody i rodzaje populacyjnej analizy danych klinicznych
  • Korelacja i regresja, analiza danych klinicznych
  • Normalność rozkładu, analiza t-studenta, analiza wariancji ANOVA
  • Pakiet xpose4:
    • - Wykresy dobroci dopasowania modelu końcowego (goodness of fit plots): obserwowane stężenia leku vs. populacyjne stężenia przewidywane oraz obserwowane stężenia leku vs. indywidualne stężenia przewidywane
    - Histogram i analiza zmiennych towarzyszących (covariates - wiek, masa ciała, dane laboratoryjne i kliniczne pacjenta)
    - Ocena statystyczna niewyjaśnionej zmienności resztowej (RUN - residual unexplained variability): zależność warunkowych reszt ważonych (CWRES) od wartości indywidualnych przewiedzianych przez model oraz od czasu

    Wykładowcy



    Dr inż. Joanna Zyprych - Walczak

    Adiunkt w Katedrze Metod Matematycznych i Statystycznych na Uniwersytecie Przyrodniczym w Poznaniu.
Autor podręcznika do nauki R. Doświadczony szkoleniowiec.
Ekspert i praktyk w dziedzinie analizy w R i rozwoju metod statystycznych z 12-letnim doświadczeniem. Jeden z najlepszych europejskich specjalistów w dziedzinie RNA-seq. Odbyła staże zagraniczne w Williamsburgu, Waszyngtonie i Zurychu. Współpracuje 
m. in. z Instytutem Genetyki Człowieka, Politechniką Poznańską, Uniwersytetem w Wiedniu, Politechniką Federalną i Uniwersytetem 
w Zurychu.



    Dr hab. n. biol. Paweł Niewiadomski

    Kierownik Laboratorium Sygnalizacji Molekularnej i Komórkowej w Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego. Specjalista w zakresie biochemii, biologii molekularnej oraz analizy wielkoskalowych badań przesiewowych z użyciem R/RStudio. Odbył siedmioletni staż w USA na uniwersytetach UCLA oraz Stanforda. Współpracuje z Instytutem Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, Instytutem “Pomnik-Centrum Zdrowia Dziecka” i Uniwersytetem Sapienza w Rzymie. Doświadczony wykładowca między innymi z zakresu biostatystyki z użyciem R oraz farmakologii.



    Wykładowcy

    Dr inż. Joanna Zyprych - Walczak

    Adiunkt w Katedrze Metod Matematycznych i Statystycznych na Uniwersytecie Przyrodniczym w Poznaniu.
Autor podręcznika do nauki R. Doświadczony szkoleniowiec.
Ekspert i praktyk w dziedzinie analizy w R i rozwoju metod statystycznych z 12-letnim doświadczeniem. Jeden z najlepszych europejskich specjalistów w dziedzinie RNA-seq. Odbyła staże zagraniczne w Williamsburgu, Waszyngtonie i Zurychu. Współpracuje 
m. in. z Instytutem Genetyki Człowieka, Politechniką Poznańską, Uniwersytetem w Wiedniu, Politechniką Federalną i Uniwersytetem 
w Zurychu.



    Dr hab. n. biol. Paweł Niewiadomski

    Kierownik Laboratorium Sygnalizacji Molekularnej i Komórkowej w Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego. Specjalista w zakresie biochemii, biologii molekularnej oraz analizy wielkoskalowych badań przesiewowych z użyciem R/RStudio. Odbył siedmioletni staż w USA na uniwersytetach UCLA oraz Stanforda. Współpracuje z Instytutem Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, Instytutem “Pomnik-Centrum Zdrowia Dziecka” i Uniwersytetem Sapienza w Rzymie. Doświadczony wykładowca między innymi z zakresu biostatystyki z użyciem R oraz farmakologii.